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@MISC{Barton96proteinsequence,
author = {Geoffrey J. Barton},
title = {Protein Sequence Alignment and Database Scanning},
year = {1996}
}
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Abstract
Contents 1 Introduction 3 2 Amino acid scoring schemes 3 2.1 Identity scoring : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 3 2.2 Genetic code scoring : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 4 2.3 Chemical similarity scoring : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 4 2.4 Observed substitutions : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 4 2.4.1 The Dayhoff mutation data matrix : : : : : : : : : : : : : 5 2.4.2 PET91 - An updated Dayhoff matrix : : : : : : : : : : : 6 2.4.3 BLOSUM - matrix from ungapped alignments. : : : : : : 6 2.4.4 Matrices derived from tertiary structure alignments : : : : 6 2.5 Which matrix should I use? : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 7 3 Comparison of two sequences 8 3.1 Sequence comparison without gaps - fixed length segments : : : : 8 3.1.1 Correlation methods : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 9 3.1.2 Variable length segments : : : : : : : : : : : : : : : : : 10 3.2 Sequence comparison with gaps : : : : : : : : : : : : : : : : : :
Citations
| 325 | Time warps, string edits, and macromolecules: the theory and practice of sequence comparison - Sankoff, Kruskal - 1983 |
| 22 | A model of evolutionary change in proteins. Matrices for detecting distant relationships - Dayhoff, Schwartz, et al. - 1978 |
| 11 | MPsrch version 1.3 - Sturrock, Collins - 1993 |
| 2 | Nucleic acid and protein sequence analysis - a practical approach - Collins, Coulson - 1987 |
| 1 | National biomedical research foundation Washington DC - Schwartz, Dayhoff - 1978 |
| 1 | An overview of squence comparison - Kruskal - 1983 |
| 1 | Nature 361 - Barton, Russell - 1993 |
